원예작물 육종에 있어 첨단생명공학기술 및 분자마커를 활용하여 병해충 저항성 및 우량형질의 품종선발 효율을 극대화시키고, 육종연한을 단축하고 있다. 본 실험실은 분자육종을 위해 NGS (Next Generation Sequencing) 기술을 도입하여 유전체 연구를 수행하고 있으며, 생산된 유전체, 유전자 및 분자마커 정보를 이용한 고품질 신품종 육성 및 육종효율 증진 등 고부가 산업창출의 기반을 제공하고 있다. 또한, 과수의 주요병해에 대한 병리검정 시스템 구축 및 Marker Associated Selection (MAS) 시스템 구축에 관한 연구를 수행하고 있다.